La Cohorte ANRS CO3 Aquitaine est une cohorte de sujets adultes vivant avec le VIH, des deux sexes et de tous les groupes de transmission, inclus et suivis au Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Bordeaux et dans huit hôpitaux publics du Sud-Ouest de la France (Arcachon, Bayonne, Dax, Libourne, Mont de Marsan, Pau, Périgueux, Villeneuve–sur-Lot), quel que soit leur stade de l’infection. L’exploitation et la valorisation des informations collectées dans le cadre de ce projet sont coordonnées depuis 1987 par le Groupe d’Epidémiologie Clinique du SIDA en Aquitaine (GECSA) dont l’organisation actuelle est présentée au paragraphe 5. Le Centre de Recherche INSERM U897, au sein de l'Institut de Santé Publique, d’Epidémiologie et de Développement (ISPED) de l'Université Bordeaux Segalen assure la coordination épidémiologique de la Cohorte Aquitaine.
La Cohorte Aquitaine est reconnue par l’Agence Nationale de Recherche sur le SIDA et les hépatites virales (ANRS) depuis 1992 et fait partie depuis lors de l'Action Coordonnée n°7 (AC7).
L’objectif général de la Cohorte Aquitaine est d’étudier les tendances temporelles de l’histoire naturelle et sous traitement de l’infection par le VIH1. Les objectifs spécifiques sont :
i) Identifier les déterminants de la progression de l’infection.
ii) Quantifier les facteurs pronostiques de cette évolution.
iii) Évaluer les modalités de prise en charge des patients et étudier leur impact sur la progression de la maladie.
iv) Réaliser la surveillance épidémiologique de la prise en charge de l’infection par le VIH dans la région Aquitaine.
v) Identifier les problématiques émergentes médicales et psycho-sociales chez les personnes vivant avec le VIH et suivies dans le système de soins.
Un pôle régional pluridisciplinaire de recherche clinique sur le VIH et les pathologies associées est ainsi constitué depuis plus de 20 ans. Il contribue à la recherche épidémiologique, clinique, biologique et d’évaluation sur cette maladie, dans le cadre de l’AC7 de l’ANRS en particulier, et à la conduite d'analyses médico-économiques pour mieux planifier les allocations de ressources pour cette infection en Aquitaine.
Depuis novembre 2006 une biothèque (plasmathèque et cellulothèque) a été constituée avec le soutien de l’ANRS. Elle regroupe la collection des prélèvements des patients de la Cohorte Aquitaine qui sont suivis au CHU de Bordeaux et ont donné leur consentement éclairé.
La Cohorte Aquitaine est une cohorte ouverte depuis sa création. Les inclusions, rétrospectives jusqu'en octobre 1987, sont prospectives et sans interruption depuis lors.
Les critères d’inclusion dans la Cohorte Aquitaine sont au nombre de quatre :
i) Infection confirmée par le VIH-1, quel que soit le stade clinique.
ii) Deux contacts au moins (en consultation ou en hospitalisation) avec les services participants, ou un premier contact à l'inclusion, suivi d'une date de décès documentée.
iii) Un âge supérieur ou égal à 13 ans.
iv) Un consentement éclairé donné par le patient.
Un questionnaire permet la collecte confidentielle et standardisée des données cliniques, biologiques, thérapeutiques et épidémiologiques lors de chaque consultation ou hospitalisation. Le rythme des contacts est basé sur la pratique clinique des services hospitaliers impliqués, le délai entre les visites de suivi tend à s’allonger depuis l’ère des multithérapies antirétrovirales hautement actives. Les outils de recueil sont régulièrement adaptés en fonction de l’évolution de la prise en charge de l’infection.
Au 31 Octobre 2013, 8 480 patients étaient inclus dans la Cohorte Aquitaine.
Un quart des patients inclus sont des femmes (26,1%). Les patients de cette cohorte sont issus de tous les groupes de contamination (39,1% d’homo- ou bisexuels masculins, 22,0% de toxicomanes IV et 28,9% d’hétérosexuels). Le suivi médian est de 6,5 ans après leur inclusion (intervalle interquartile : 2,2 – 13,2 ans). Dans la cohorte Aquitaine, 1 552 patients (18,3%) ont été inclus au stade SIDA et 1 692 (20,0%) sont passés au stade SIDA au cours du suivi ; 2 509 patients (29,6%) sont décédés. Entre janvier 1996 et octobre 2013, c’est-à-dire à l’ère des multithérapies hautement actives (HAART), 4 408 sujets ont été inclus dans la Cohorte Aquitaine soit plus de la moitié des inclusions.
2 510 patients de la cohorte Aquitaine ont au moins une fiche colligée dans la base de données pour les 10 premiers mois de l’année 2013 (données non consolidées), quelle que soit leur année d’inclusion.
Pour la dernière année calendaire complète (année 2012), la file active annuelle était de 3 662 patients ; dont 161 ont été inclus pendant l’année.
Au 30 juin 2013, 2 509 patients ont été inclus dans la biothèque de la cohorte Aquitaine pour un total de 8 785 prélèvements.
Depuis plusieurs années, le vielllissement et les complications émergentes et en particulier les causes de comorbidité représentent une thématique majeure de la Cohorte Aquitaine. Ces études sont l’occasion de mettre en place des groupes de travail multidisciplinaires au sein du GECSA, ou de proposer des collaborations inter-cohortes axées sur certaines thématiques.
Les aspects d’immuno-épidémiologie de cette infection font également partie des thématiques d’intérêt au GECSA, en particulier l’étude des phénomènes d’immuno-activation.
Investigateur Coordonnateur :
Pr F. Dabis.
Composition du conseil scientifique :
Membres titulaires :
Prs F. Bonnet, D. Breilh, F. Dabis, M. Dupon, G. Chêne, H. Fleury, D. Malvy, P. Mercié, I. Pellegrin, P. Morlat, D. Neau, JL. Pellegrin et R. Thiébaut; Drs S. Bouchet, V. Gaborieau, D. Lacoste, S. Tchamgoué.
Invités permanents :
Drs M. Bruyand, S. Lawson-Ayayi, L. Wittkop
Membres de l’assemblée générale du GECSA :
Epidémiologie et méthodologie :
M. Bruyand, G. Chêne, F. Dabis, S. Lawson-Ayayi, R. Thiébaut, L. Wittkop
Services cliniques ou unités fonctionnelles :
- CHU de Bordeaux : Unités cliniques :Pr P. Morlat (Pr F. Bonnet, Drs N. Bernard, M. Hessamfar, D. Lacoste et MA. Vandenhende) ; Pr M. Dupon (Drs FA. Dauchy, H. Dutronc), Pr P. Mercié (Drs P. Duffau et J. Roger Schmeltz), Pr D. Malvy (Drs T. Pistone et MC Receveur), Pr D. Neau (Drs C. Cazanave, A. Ochoa et MO. Vareil), Pr JL. Pellegrin (Pr JF. Viallard, C. Greib, E. Lazaro) ; Virologie : Pr H. Fleury (Pr ME. Lafon, Drs S. Reigadas et P. Trimoulet) ; Immunologie : Pr JF. Moreau (Dr I. Pellegrin) ; Pharmacie : Pr D. Breilh ; Pharmaco-toxicologie : Pr M. Molimard (Drs S. Bouchet et K. Titier); Pharmacologie clinique : Drs F. Haramburu, G. Miremont-Salamé
- CHG d’Arcachon : Dr A. Dupont
- CHG de Dax : Dr Y. Gerard (Drs L. Caunègre et K. André)
- CHG de Bayonne : Dr MO. Vareil (Drs S. Farbos et H. Wille)
- CHG de Libourne : Dr J. Ceccaldi (Dr S. Tchamgoué)
- CHG de Mont-de-Marsan : Dr C. Courtault
- CHG de Pau : Drs E. Monlun et V. Gaborieau.
- CHG de Périgueux : Drs P. Lataste, JP. Meraud
- CHG de Villeneuve-sur-Lot : Dr I. Chossat
Equipe permanente :
MJ. Blaizeau, M. Decoin, et C. Hanappier E. Lenaud, A. Pougetoux (techniciennes d’études cliniques – CHU de Bordeaux) ; S. Delveaux, C. D’Ivernois (attachées de recherche clinique – CHU de Bordeaux) ; J. Delaune, O. Leleux et B. Uwamaliya-Nziyumvira (attachés de recherche clinique - INSERM U 897) ; S. Geffard (gestionnaire de bases de données) ; F. Le Marec (statisticien) ; M. Bruyand, S. Lawson-Ayayi (épidémiologistes) ; I. Louis (projet ARPEGES) ; G. Palmer, V. Conte, D. Touchard, J. Leray, A. Frosch (CREDIM-ISPED)
Comité de Pilotage de la Biothèque :
Epidémiologie : Geneviève Chêne, François Dabis, Sylvie Lawson-Ayayi, Mathias Bruyand.
Virologie : Hervé Fleury.
Immunologie : Jean-François Moreau.
Pharmacologie : Dominique Breilh.
Clinique : Michel Dupon, Denis Lacoste, Patrick Mercié, Philippe Morlat, Didier Neau, Jean-Luc Pellegrin.